Mokinių pasiekimai koreliuoja su nevienodomis sąlygomis mokyklose, o tai atsiliepia ir visos šalies mastu. 2018 m. PISA tyrimo duomenimis, Lietuvos mokinių pasiekimai visose srityse buvo žemesni už EBPO šalių vidurkį. Atliekant šį tyrimą nustatyta, kad rezultatų netolygumai pasireiškia pagal įvairius veiksnius: mokyklos tipą, vietovę, mokinio socialinę, ekonominę ir kultūrinę (toliau – SEK) aplinką. Pastebėtos tokios tendencijos: didžiųjų miestų mokyklų mokinių rezultatai yra reikšmingai aukštesni už miestelių ir kaimo vietovių mokyklų; gimnazijų mokinių rezultatai yra aukštesni už kitų tipų mokyklų mokinių rezultatus; palankios SEK padėties mokinių pasiekimai buvo geresni. EBPO tyrime buvo pastebėtas reikšmingas mokinių pasiekimų skirtumas, priklausantis nuo mokyklos dydžio. Mažesnių mokyklų mokiniai atsilieka ne tik nuo EBPO šalių, tačiau ir nuo Lietuvos vidurkio. Tai rodo tarptautinių mokinių pasiekimų tyrimų (PISA ir TIMSS) ir nacionalinių (PUPP ir NMPP) mokinių ugdymo pasiekimų patikrinimų ir valstybinių brandos egzaminų (VBE) rezultatai. Pagal Nacionalinės švietimo agentūros atliktą penkerių metų analizę, matoma tendencija, kad kaimo mokyklose besimokančių abiturientų VBE rezultatai yra nuolat žemesni nei didmiesčių ar miestų mokyklų mokinių. Lyginant pagal VBE apibendrinamą balą, 2019 metais kaimo mokyklų abiturientai atsiliko nuo miesto mokyklų 38,5 taško, o nuo didmiesčių mokyklų mokinių – beveik 70 taškų. Kaimo mokyklų abiturientai vidutiniškai išlaiko mažiau valstybinių brandos egzaminų. O tai reiškia, kad jų tolesnio mokymosi kelių pasirinkimo galimybės yra menkesnės. 2018 m. PISA tyrime Lietuvos gamtamokslinio raštingumo rezultatai tarp didmiesčių ir kaimų skyrėsi 61 tašku, skaitymo gebėjimų – 69 taškais, matematinio raštingumo – 62 taškais. Ryškūs skirtumai ir savivaldybių lygiu. Lyginant Lietuvos bendrojo ugdymo mokyklose mokymosi pažangą 2018–2019 metais padariusių šeštokų rezultatus matyti, kad didžiausią pažangą fiksavo Varėnos, Širvintų ir Zarasų rajonų savivaldybės (apie 76 proc.), mažiausią – Biržų, Kėdainių, Šilalės rajonų ir Šiaulių miesto savivaldybės (apie 40 proc.). 2020 metais atlikta Švietimo rezultatų kaitos savivaldybėse analizė parodė, kad 20 savivaldybių rezultatai pagerėjo, 22 – suprastėjo, o 18 – nepakito. Siekiant rezultatų tvarumo ir vienodų mokymosi sąlygų bei karjeros galimybių visoje Lietuvoje gyvenantiems asmenims, būtina mažinti atotrūkį tarp skirtingų tipų ir vietovių mokyklų. Tokiam pokyčiui įgyvendinti reikalingas kompleksinių priemonių rinkinys, taip pat būtina vertinti kiekvienos atskiros savivaldybės situaciją. TŪM programa tiesiogiai prisideda prie Nacionalinio pažangos plano (toliau – NPP) uždavinio „Pagerinti ugdymosi rezultatus ir sumažinti jų atotrūkį“, taip pat iš dalies – prie NPP uždavinių Nr. 3.2. „Didinti švietimo įtrauktį ir prieinamumą, užtikrinti saugią aplinką kiekvienam asmeniui“ bei 3.6. „Sustiprinti pedagogo profesijos patrauklumą, sukurti veiksmingą jų rengimo ir kompetencijų tobulinimo sistemą“. Šie uždaviniai atsispindi ŠPP, kurioje aprašytos NPP uždavinius atitinkančios problemos: „Netolygi ugdymo kokybė ir fragmentuota jos užtikrinimo sistema turi neigiamą įtaką mokinių ugdymosi rezultatams“; „Nepakankamai išplėtota švietimo pagalba mokyklose“; „Kultūrinės edukacijos stoka nekuria pridėtinės vertės asmenybės tobulėjimui ir gyvenimo kokybei“; „Nepatraukli pedagogo profesija“. Siekdama spręsti šiuos klausimus, ŠMSM suplanavo kelias skirtingas priemones, kurios prisideda prie ŠPP aprašytų problemų priežasčių sprendimo. TŪM programa planuojama daryti poveikį šioms priežastims: 1) pernelyg skirtingas bendrojo ugdymo programas vykdančių mokyklų veiklos veiksmingumas (ŠPP Nr. 1.4); 2) trūksta mokyklų vadovų orientacijos į ugdymą (ŠPP Nr. 1.2); 3) trūksta mokinių poreikius atliepiančio šiuolaikinio ugdymo ir jų pasiekimų bei pažangos vertinimo (ŠPP Nr. 1.1); 4) negalią turintys mokiniai neturi sąlygų ugdytis kartu su bendraamžiais (ŠPP Nr. 4.1); 5) kultūros turinys ir meno formos nesistemingai integruotos į formalųjį švietimą (ŠPP Nr. 7.2); 6) pedagogų darbo užmokestis nėra konkurencingas pritraukti ir išlaikyti švietimo sistemoje gabius ir motyvuotus asmenis (ŠPP Nr. 17.1); 7) ribotos profesinės karjeros, profesinio augimo galimybės (ŠPP Nr. 17.4). TŪM programa skiriasi nuo ankstesnių investicijų į bendrojo ugdymo kokybės gerinimą savo sudėtingumu: 1) suplanuotos kombinuotos investicijos – numatyta finansuoti tiek infrastruktūrą, įrangą, tiek investuoti į pedagogų ir mokyklos vadovų kvalifikacijos tobulinimą bei ugdymo veiklų organizavimą bendrojo ugdymo mokyklose; 2) investicinės veiklos derinamos su reguliaciniais veiksmais, kuriais siekiama efektyvinti mokyklų tinklą – tam TŪM programoje yra numatyti atskiri rodikliai, susiję su tinklo pertvarkos taisyklių patvirtinimu, jungtinių klasių skaičiaus mažinimu ir pan.; 3) investicijos suplanuotos savivaldybių lygmeniu, tačiau siekiama, kad kiekviena savivaldybė pasiūlytų savo sprendimus ugdymo kokybės gerinimui bei atotrūkių mažinimui; 4) numatytos keturios sritys mokyklų veiklos tobulinimui: lyderystė, įtrauktis, kultūrinis ugdymas ir STEAM ugdymas; 5) suplanuoti trijų lygių rodikliai TŪM programoje dalyvaujančioms savivaldybėms: privalomi (susiję su mokinių pasiekimų gerinimu, jungtinių klasių skaičiaus mažinimu bei mokinių skaičiaus vienai sąlyginei mokytojo pareigybei didinimu); pasirenkamieji (susiję su pedagogų regeneracija ir darbo sąlygų gerinimu, švietimo pagalbos gerinimu, įtraukties didinimu, neformaliuoju ugdymu) bei papildomi unikalūs, pačių savivaldybių pasiūlyti rodikliai (susiję su keturiomis mokyklų veiklos tobulinimo sritimis); 6) skatinama tinklaveika – savivaldybėms bei mokykloms siūloma bendradarbiauti, dalinantis turimais arba sukurtais ištekliais, infrastruktūra. TŪM programoje dalyvaujančios ir į šį projekto įgyvendinimo planą įtrauktos savivaldybės pačios atrinko mokyklas, kuriose bus įgyvendinamos TŪM programos veiklos. Taip pat savivaldybės parengė švietimo pažangos planus, kuriuose pateikta informacija apie kiekvienos savivaldybės švietimo sistemos būklę ir kaitą, spręstinas problemas, siekiamo pokyčio tikslą ir tobulintinas sritis; planuojamas veiklas ir reikalingas investicijas joms įgyvendinti; socialines inovacijas ar kitus būdus, kuriais bus stiprinama geros mokyklos požymių raiška; rodiklius ir jų reikšmes, kurias įsipareigoja pasiekti; TŪM programoje dalyvaujančias mokyklas (toliau – Pažangos planai). Šie Pažangos planai buvo suderinti su ekspertų komanda. Savivaldybes į TŪM programos projektus planuojama kviesti dviem srautais. Kiekvienas iš šių srautų bus įgyvendinamas per atskirą projektą. Šiame projektų įgyvendinimo plane įtrauktos savivaldybės ir mokyklos, dalyvaujančios TŪM programos II sraute Projektas „Tūkstantmečio mokyklos II“ skirtas įgyvendinti TŪM programoje numatytas ir Pažangos planuose suplanuotas veiklas savivaldybėse ir mokyklose keturiose srityse (lyderystės, įtraukiojo ugdymo, STEAM ugdymo ir kultūrinio ugdymo). Projekto metu taip pat numatoma savivaldybėms teikti konsultacijas bei rengti rekomendacijas dėl ugdymo veiklų įgyvendinimo ir mokyklų veiklos tobulinimo, atlikti įgyvendinamų veiklų stebėseną (veikia ekspertų komanda – „Tūkstantmečio mokyklų akademija“, kurios veiklos buvo pradėtos projekte Nr. 10-001-P-0001). Taip pat planuojama tęsti TŪM komunikacijos strategijos įgyvendinimą (veikla pradėta projekte Nr. 10-001-P-0001), taip pristatant TŪM programą visuomenei bei suinteresuotoms šalims. Neįgyvendinus šio projekto, kiltų rizika TŪM programos rodiklių pasiekimui (neįvykdytos veiklos, prisidedančios prie mokinių pasiekimų pagerėjimo, nesumažinti mokinių pasiekimų atotrūkiai tarp savivaldybių mokyklų), liktų nepasiektas RRF nustatytas rodiklis (150 mokyklų, gavusių paramą veiklos kokybei gerinti). Projektas neturės neigiamos įtakos darnaus vystymosi, įskaitant reikšmingos žalos nedarymo principui, kadangi reikšmingos žalos nedarymo principo užtikrinimą veiklų įgyvendinimo metu stebės „Tūkstantmečio mokyklų akademijos“ komanda. TŪM programoje gali dalyvauti visos savivaldybės, neatsižvelgiant į jų demografinę ar geografinę padėtį, todėl darniam vystymuisi regionų politikos atžvilgiu TŪM programa neigiamos įtakos neturi. Projektas taip pat neturės neigiamos įtakos lygių galimybių ir nediskriminavimo principui, kadangi veiklos vykdomos savivaldybėse ir mokyklose, neskirstant veiklose dalyvaujančių asmenų lyties, rasės, tautybės, pilietybės, kalbos, kilmės, socialinės padėties, tikėjimo, įsitikinimų ar pažiūrų, amžiaus, lytinės orientacijos, etninės priklausomybės, religijos, negalios ar kitais pagrindais. Projektas prisidės prie ugdymo paslaugų prieinamumo didinimo, kadangi įtrauktis yra pasirinkta kaip viena iš keturių mokyklų veiklos tobulinimo sričių, kuriant arba atnaujinant infrastruktūrą privaloma laikytis universalaus dizaino principų.